セックスで感染する細菌やウイルスは、性行為感染症（ＳＴＤ）の原因になります。例えば、不妊症の原因になるクラミジアや淋病、生命に危険が及ぶエイズやＢ型・Ｃ型血清肝炎などです。

ＨＰＶ（ヒトパピローマウイルス）もセックスによって感染するウイルスで、子宮頸がんや尖圭コンジローマ（膣や外陰部に小さなきのこ状の突起を生じる疾患）の原因になります。